廠商履約與機關發生糾紛，依照採購法第85-1條規定，廠商與機關因履約爭議無法達成協議時，可以請採購申訴審議委員會來調解，或是向仲裁機構聲請仲裁，由於機關和廠商通常都沒有事先簽署仲裁協議，所以爭議通常是由中央或地方政府的採購申訴審議委員會來調解，前者在工程會，後者則在各縣市政府，這也是新聞中工程會出來說明調解結果的理由。

智慧財產權之許多法規範中，賦予權利人一定期間的專屬權，除了積極的實施權能外，亦有消極的排他權能（註一）。在此排他權能下，實務衍生出一種特別的商業運作模式：即智慧財產權人不實施自己所擁有之智慧財產權，而是藉由取締其他侵權人或企業並對其提起侵權訴訟，以取得和解金或損害賠償費用。為上述行為之智慧財產權主體被稱為非實施實體（Non-Practicing Entity，下稱NPE），該維權手段係法律所創設並賦予之權利，此制度在我國及美國實務上已行之有年。

依政府採購法第85條之1第3項準用民事訴訟法第77條之20第2項「調解不成立後三十日內起訴者，當事人應繳之裁判費，得以其所繳調解之聲請費扣抵之。」、第423條第1項前段規定「調解不成立後起訴者，其調解程序之費用，應作為訴訟費用之一部」，聲請人所繳納調解程序費用應作為訴訟費用之一部，得以扣抵訴訟裁判費，此不啻大大減輕了廠商請求救濟之負擔。然而如果已經繳裁判費了才發現此事，又該怎麼辦？按民事訴訟法第77條之26第1項規定「訴訟費用如有溢收情事者，法院應依聲請並得依職權以裁定返還之。」、同條第2項規定「前項聲請，至遲應於裁判確定或事件終結後三個月內為之。」。所以，應儘早具狀向法院聲請裁定返還溢繳之裁判費，以確保權益。

公共工程履約期間較長，過程發生爭議者，廠商通常為顧全大局，不會立即以具對立性之訴訟手段爭取權利，且政府採購法第85條之1第1、2項所設規定：「機關與廠商因履約爭議未能達成協議者，得以下列方式之一處理：一、向採購申訴審議委員會申請調解。二、向仲裁機構提付仲裁。前項調解屬廠商申請者，機關不得拒絕。工程及技術服務採購之調解，採購申訴審議委員會應提出調解建議或調解方案；其因機關不同意致調解不成立者，廠商提付仲裁，機關不得拒絕。」，對於廠商較為有利，因此，向管轄之行政機關採購申訴審議委員會申請履約爭議調解，係較為常見之作法。

現行的司法實務見解下，廠商走完調解程序後，可以不用再擔心之前的調解費用變沉沒成本，就算調解方案不盡人意，之後另向法院起訴時，還是可以向法院聲請退還溢繳費用

關於廠商與機關間之政府採購的履約爭議，有所謂的【先調後仲】制度。

刑事訴訟法第241條規定：「公務員因執行職務知有犯罪嫌疑者，應為告發。」亦即，公務員執行職務知道有犯罪情形，有義務主動告發，糾正不法。進行仲裁程序時，若仲裁人於執行職務知有犯罪嫌疑，有告發義務嗎？