108年4月30日修正前政府採購法第59條規定：「機關以選擇性招標或限制性招標辦理採購者，採購契約之價款不得高於廠商於同樣市場條件之相同工程、財物或勞務之最低價格（第一項）。廠商亦不得以支付他人佣金、比例金、仲介費、後謝金或其他利益為條件，促成採購契約之簽訂（第二項）。違反前二項規定者，機關得終止或解除契約或將溢價及利益自契約價款中扣除（第三項）。公開招標之投標廠商未達三家者，準用前三項之規定（第四項）。」這個條文的立法宗旨在於，避免關說、綁標或非競爭採購關係（即選擇性、限制性招標）下造成「不當溢價」及「不正利益輸送」。然而，因違反第一、二項規定的法律效果在第三項，但因第二項規定有一個「亦」字，使得司法實務操作上產生一個問題，亦即行政機關扣除不正利益時，究竟是滿足「溢價」且「利益」兩要件始可，抑或擇一該當即可？
在特定較高金額的政府採購，例如幾十億元的工程或勞務採購，屬於巨額採購，招標機關可以在投標文件內，除了規定投標廠商基本資格之外，亦可就採購案的特性及實際需要作特別資格的限制，像是投標廠商要有相當經驗或實績等證明文件。
機關若已發還廠商押標金，事後發現廠商有違反政府採購規定而要追繳押標金，時效何時起算？政府採購法第30條規定：「機關辦理招標，應於招標文件中規定投標廠商須繳納押標金；得標廠商須繳納保證金或提供或併提供其他擔保。」以往，關於押標金不予發還之適用情形，追繳時效及起算時點，沒有特別規定，造成實務上爭議。民國108年新修正政府採購法後，有了較明確的規範。
某政府機關標案雖然未達公告金額而採限制性招標，但欲投標廠商，卻在投標文件補充須知看到「第一次公開招標應有三家以上合格廠商投標始得開標或比價，否則為流標」等文字，認為應該要有三家以上廠商投標，否則無法開標，所以打算去找別家廠商參與陪標，這樣對嗎？
廠商有政府採購法第101條第1項各款行為之情形（例如：借用他人名義投標、以虛偽不實之文件投標、得標後無正當理由而不訂約者………），機關依法刊登政府採購公報為不良廠商之處分，通說認為屬「行政罰」性質。不過，實務上可能會出現的問題，就是機關於開標後相當長一段時間後，才發現有偽造文件投標的行為，也才會作出停權處分，而將廠商登載為不良廠商，這時就要討論裁罰時效是否消滅了。
依據政府採購法規定，原則上，機關對於廠商所繳納的押標金，應於決標後無息發還未得標之廠商。不過，若廠商有以「虛偽不實之文件投標、借用他人名義或證件投標，或容許他人借用本人名義或證件參加投標、冒用他人名義或證件投標、得標後拒不簽約、得標後未於規定期限內，繳足保證金或提供擔保、對採購有關人員行求、期約或交付不正利益、其他經主管機關認定有影響採購公正之違反法令行為」，則所繳納之押標金，不予發還；未依招標文件規定繳納或已發還者，並予追繳。
在某政府採購案例，契約招標過程中，存在未依招標文件所載就資格審查、企劃書評選及議價採一次投標、分段開標之程序上瑕疵。
廠商參與政府採購投標，若有圍標或借牌等犯罪情形，會有刑事責任。不過，除卻暴力圍標，違法投標的犯罪類型有好幾種，較常見的為「妨害投標罪」、「合意圍標罪」、「借牌投標罪」三種類型。
為維持政府採購的公平及價格的合理性，禁止廠商以支付他人佣金、比例金、仲介費、後謝金或其他利益為條件，促成採購契約之簽訂。因為廠商支付他人佣金等不當利益，勢必計入成本估價，契約價格可能溢出一般合理價，政府採購法有相關不正利益扣除之規定。
依政府採購法第22條第1項第6款規定：機關辦理公告金額以上之採購，在原招標目的範圍內，因未能預見之情形，必須追加契約以外之工程，如另行招標，確有產生重大不便及技術或經濟上困難之虞，非洽原訂約廠商辦理，不能達契約之目的，且未逾原主契約金額百分之五十者，得採限制性招標。